正在调查坠落在太平洋上(shàng )的不明飞(fēi )行物体的海上(shàng )自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的(de )影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶(xiōng )恶的(de )怪兽THE ONE。之(zhī )后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。
　　另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中(zhōng )真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了(le )民航机飞行(háng )员，展开了新生(shēng )活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进(jìn )行身体上的监视。此时行踪不明(míng )的怪兽THE ONE像(xiàng )被某种(zhǒng )东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒(bīn )死的真木，身体发生了变化，在红(hóng )色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒(máng )的钢铁身体型态(tài )，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生(shēng )命体定名为“THE NEXT”。
　　真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子(zǐ )继梦入院的消息,在赶到医院后(hòu )跟妻子蓉子再(zài )次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在(zài )吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的(de )的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有(yǒu )恸的人格已经被"THE ONE"取代,已(yǐ )经(jīng )成为不能变回为人(rén )的状态。不过那样的有(yǒu )恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了(le )跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之(zhī )火开始燃烧了(le )！