某日，一群使用风遁之术(shù )的空忍空袭火之国(guó )，无数(shù )民众和忍者遇害，形势危急。据纲手大人所(suǒ )言，这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团，如今他们怀着复仇之心再次出现。卡卡西（井上和彦 配音）等人则负责侦查空之团(tuán )的老巢，鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、雏田（水樹奈々 配音）受(shòu )命组成三人医(yī )疗小队，协助名医神农（石塚運昇(shēng ) 配音）前往其(qí )徒弟雨琉的家(jiā )乡医治伤者。另一方面，病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成，他命佐助（杉山纪彰 配音）前去寻找神农。这也(yě )促(cù )成佐助和昔日伙伴宿命的重逢……　　本片为《火影忍者》第五部剧场版动画。