“闇之书事件”（参照魔法少女(nǚ )奈(nài )叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶(yè )、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友(yǒu )情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加(jiā )入时空管理局，并以(yǐ )一流魔导师的身分活跃。　　在此当中，出(chū )现了新发现的太(tài )古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵(bīng )器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。　　另一(yī )边，时间回(huí )溯到四年前。昴·中岛在遭到机(jī )场火灾卷入而几乎丧命之际(jì )，由于(yú )奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为管理局的魔(mó )导师”的决定。　　四年后，经过一番波折而顺利成为管理(lǐ )局的新进魔导师的昴(mǎo )，与训练校时代(dài )的伙伴(bàn )蒂雅娜·兰斯特共同挑战魔导师的升格试验。于远处凝视著两人考试的，分别是认定两人将成为(wéi )“机动六课”的明日之星而投以注(zhù )意的疾风与菲特、还有奈叶。在三人的注视之中，随着宣告(gào )试验开始的ReinForce II（统御之力zwei）的声音，拉开了“StrikerS”故事的序幕。