“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏(tà )入19歳(suì )的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管(guǎn )理局，并(bìng )以一流魔导师的身分活跃。　　在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而(ér )出现的谜样(yàng )机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速(sù )对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责(zé )处理与太古遗产(chǎn )关连任务(wù )的特殊部队——“机动六课”。　　另一边，时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际，由于奈叶的出现(xiàn )而得救。因为憧(chōng )憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为管理局的魔导师”的决定。　　四年后，经过一番(fān )波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴，与训练校时代(dài )的伙伴蒂雅娜·兰斯特共同挑战魔导师的升格试(shì )验。于(yú )远处(chù )凝视著(zhe )两人考试的，分别是认定两人将成为“机动六课”的明日之星而投以注意的疾风与菲特、还有奈叶。在三人的注(zhù )视之中，随着宣告试验开始的ReinForce II（统御之力zwei）的声音，拉开了“StrikerS”故事的序幕。