“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神(shén )疾(jí )风三人，怀抱着彼此的友情(qíng )牵绊、为了追求各自的梦(mèng )想(xiǎng )实现而加入时空管理局(jú )，并以一流魔导师的身分活跃。　　在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共(gòng )鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立(lì )了专责处理与太古遗产关连任务的特殊(shū )部队——“机动六(liù )课”。　　另一边，时(shí )间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际，由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的(de )奈叶，昴在当晚的满天星(xīng )空之下，做出了“成为管理局的魔导师”的决定。　　四年后，经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴，与训练校时代的伙伴蒂(dì )雅娜·兰斯特共(gòng )同挑战魔导师的升格试验。于远处凝视著两人(rén )考试的，分别是认定两人将成为“机动六课”的明日之星而(ér )投以注意的疾风与菲特、还有奈叶(yè )。在三人的注视之(zhī )中，随着宣告试验开始的(de )ReinForce II（统御之力zwei）的声音，拉开了“StrikerS”故事的序幕。